Mikrobiologické laboratoře poskytují zdravotní služby v oblasti kultivačních vyšetření a infekční sérologie. Portfolio zahrnuje diagnostické testy pro přímý průkaz antigenů, průkaz a identifikaci bakteriálních agens moderní metodou hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF, moderní chemiluminiscenční diagnostiku virových onemocnění.

Mikrobiologické laboratoře poskytují konzultační služby včetně služeb antibiotického střediska, které pravidelně konzultuje patologické nálezy a poskytuje informace k používaným antibiotikům a léčbě infekčních onemocnění. Laboratoře jsou od roku 2006 akreditovány dle ČSN ISO 15189.